Il Monastero sorse nei pressi del Palazzo vescovile di Todi e venne Intitolato a San Giovanni Battista nel 1389.
Dal 1521 venne detto Monastero delle Lucrezie, in onore della nobile romana Lucrezia della Genga che, insieme ad altri 12 nobili, lo abitò agli inizi del XV secolo.
Nel 1445, morta Lucrezia, il locale fu lasciato all’Ordine Terziario femminile.
Nel 1897 le suore abbandonarono definitivamente il Monastero perché pericolante a causa dei ripetuti cedimenti del terreno circostante.
Recentemente è stato ristrutturato ed ospita periodicamente importanti mostre ed eventi culturali.